Biyogüvenlik: Salgınların gizli yönleri… Tüm dünyayı etkileyen COVID-19 pandemisinde, hastalığı teşhis etmek için bir dizi yöntem kullanıldı.
Bunlardan biri olan PCR yöntemi için swap yardımı ile burun ve boğazdan sürüntü alındı. Test sonucunun pozitif veya negatifliği bu testler ile belirlenebiliyor. Swaplar bizlere yalnızca test sonucunu vermezler. Swaplardan arta kalan materyaller virüsler hakkında ek bilgi verirler.
Global Biodefence kaynaklı Claire Guinat, Etthel WINDELS ve Sarah Nadeau’nun çalışmalarında dile getirdiği üzere gen değişiklikleri incelenerek salgınların nerede ve ne zaman başladığı, tespit edilmemiş enfeksiyonların sayısı ve yaygın bulaşma yolları gibi faktörler analiz edilebiliyor. Ayrıca SARS- COV-2‘nin yakın zamanda ortaya çıkan Omicron varyantı gibi yeni patojen varyantlarının yayılmasının anlaşılmasına ve izlenmesine de yardımcı olabilir.
Genetik ipuçlarını bir araya getirmek: Filogenetik
Swapların içinde patojene özgü genetik materyal bulunur. Bu materyal sayesinde salgının viral veya bakteriyel olup olmadığı, mutasyonları, mutasyonların benzerlik ve farklılıkları tespit edilebilir. Ufuktaki başka bir salgının varlığı, patojenin hangi yollarda bulaşabileceği gibi konular hakkında bilgiler sunar. Bilim insanları bunun filogenetik ağaç sistemi ile bulunabileceğini ifade ediyor.
Kuş gribi salgını zamanında, salgının büyümesini engellemek için büyük çabalar gösterilmesine rağmen salgın büyüdü ve yayıldı. Halk sağlığını ve sektörü etkiledi, birçok hayvan itlaf edildi. Bilim insanları kuş gribi genomlarını sıraladılar, filogenetik sınıflandırmadan yararlandılar. Bu sayede patojenin özellikleri, bulaşın sınırlandırılması gibi yöntemler belirlenebildi.
COVID-19 zamanında ise bu yöntemler ile sınırlamalar ve kapanmalar belirlenebildi. Claire ve arkadaşları sundukları çalışmada “Filodinamik modellemenin büyük bir avantajı, tespit edilmemiş vakaları hesaba katabilmesidir. Modeller, o zaman diliminden örneklerin yokluğunda salgının erken aşamalarını bile tanımlayabilir. Filodinamik modeller yoğun bir şekilde geliştirilmekte olup, alanı sürekli olarak yeni uygulamalara ve daha büyük veri kümelerine genişletmektedir. Bununla birlikte, genom dizileme çabalarını yetersiz örneklenmiş türlere ve bölgelere genişletme ve hızlı kamu veri paylaşımını destekleme konusunda hala zorluklar var. Sonuç olarak, bu veriler ve modeller, herkesin salgın hastalıklar ve bunların nasıl kontrol edileceği hakkında yeni bilgiler edinmesine yardımcı olacaktır.” diyor.
